兵長兵長って略されてるけどリヴァイの「兵士長」と旧日本軍の「兵長」はまったくの別物だと思うよ。

旧日本軍の兵長は上等兵の上、伍長の下という階級。
リヴァイの「兵士長」は兵士たちの頂点という役職または尊称名だと思う。
人類最強とか言われてる男にはふさわしい役職（または尊称名）だと思う。

ハンネスの部隊長は駐屯兵団の一介の部隊の長、ちょっと上の中間管理職。

現実的な軍隊の階級を当てはめるなら管理職のハンネスの方が階級は上、将校相当。
リヴァイは実際の指揮権はリヴァイ班だけの様子なので下士官相当になると思う。
「ハンネス大尉（仮）」とか「リヴァイ軍曹（仮）」ってなると、一昔前のロボットアニメみたいに戦闘力＝階級で最強のパイロットは将軍で国家元首みたいな軍隊感で見るとｺﾚｼﾞｬﾅｲとか思うだろうけど。

進撃の巨人の作中では近代軍隊的な階級制度は出てこないけど、他の作中ガジェットみたいに中世と近代が混じったような世界観演出、というのが第一。
そして近代軍隊的な階級制度を導入すると序列で組織がガッチガチに固まってストーリーの冗長性が無くなるのが第二の理由だと思う。

あと各兵団の力関係は建前上は国防大臣（進撃世界だとザックレー総統）の下に陸海空軍みたいに平等とされているように見える。
実際には憲兵団が警察機構として内政への干渉権があるようなので影響力が大きいくて幅を利かせているのだと思う。