人類は３つの壁に守られている。

主人公は、ウォール・マリア(壁の名前)のシガンシナ区に住む『エレン・イェーガー』。エレンは、一番危険な調査兵団に憧れを抱いている。

突如現れた『超大型巨人』によって壁を破壊され、その壁の破片はエレンの家に命中。

動けなくなったエレンの母親は、壁の穴から侵入してきた巨人に喰われてしまう。

その恨みから、エレンは「巨人を駆逐する」という思いを胸に、訓練兵団に入り、様々な出来事を乗り越えて……