いつかの時代。世界は未曽有の危機に襲われていた。
陸海空に穿たれた穴。海にできたそれは棲地と、
空に空いたそれは巣と、陸に通ったそれはホールと。
それぞれが呼ばれ、それぞれから人類の敵が現れた。

　すなわち。アローンであり、深海棲艦であり、ネウロイである。
あなたは原隊を日本海軍とする人類連合軍少将として、
人類に僅かに残された領域の最終防衛基地の司令官である。

　あなたの選択で未来は人類の滅亡にも、
あるいは勝利にも転ぶ。

　あなたは陸海空の総合連合軍の数多くの部下達を率いる。
すなわち、ビビッドスーツを着込み陸海空万能の戦闘を行えるビビッドチーム。
民間ながら一流の戦車戦を行い陸地の防衛に当たる戦車道少女部隊。
小型の地上型ネウロイ等を相手取り様々な兵器を繰る白兵戦部隊パレットガールズ。
海上を駆け、艤装を駆り。深海棲艦と闘う多くの艦娘。
ストライカーユニットを装備しネウロイを狩るウィッチーズ。
心を持った自立式人型兵器鋼の乙女。

　彼女達を指揮し、心を通わせ、絶望的な状況を闘い抜け。