十年後の現在、海軍は戦艦『三笠』が総司令を勤める、「鹿屋17番基地」を中心に活動している。

主な業務は深海棲艦との平和交渉の拡大、深海棲艦の所謂「過激派」の鎮圧、

果ては大本営の残党の捜索、拘束、処分など、もうここだけでいいじゃないかなという状態である。

そんな17番基地に一人のミュータントが着任する。

これはそんな「彼ら」を取り巻く、鎮守府の物語である。