舞台は波紋を科学的に解明し、訓練次第で子供なら誰でも波紋を使える街・学園都市。
あらゆる波紋使いが存在する中、まだ誰一人として修得出来ていない波紋があった。

それは「時を操る(止める)力」。
そう、かつてDIOが用いていた幽波紋の力あり、
学園都市ではそれを人為的に開発しようとしていた。

そしてそれの行き着く先は
『天上(DIO)の意志(レベル６)』―――――


新たなるＪＯＪＯの戦いが幕を開ける！！！